Con la conquista de la fortaleza de Íllora en 1486, ésta y sus territorios circundantes pasarían a estar controlados por la corona. Al pasar el municipio a nuevas manos, la población se tuvo que adaptar a la implantación de un nuevo sistema organizativo en concejos. Se produjo también un cambio urbanístico por el cual la población decidió instalarse en el llano y dejar las zonas altas para la guarnición de la defensa.
Otra de las consecuencias de la toma de Íllora fue la salida de población musulmana que en ella residía y la llegada de otro sector poblacional consecuencia de la repoblación castellana, que intentaba paliar la salida de la población morisca. Los nuevos pobladores quedarían integrados en un programa de repartimiento de tierras que respetaba las posesiones de los moriscos, que permanecieron en sus tierras, con lo que solo se repartían tierras abandonadas por sus antiguos propietarios, panorama que cambió con la expulsión de los moriscos en los primeros años del s. XVII.
La economía de agricultura de regadío que había predominado bajo dominio islámico era incompatible con la explotación principalmente ganadera y cerealista que los castellanos impusieron en el territorio, y menos aún sin moriscos que conocieran el funcionamiento de los sistemas de regadío. Por otro lado, la deficiente red viaria que existía, impedía un flujo constante de intercambios de mercaderías entre diferentes puntos de la geografía granadina, algo que se agravaba con la inseguridad en los caminos, como ocurría en la zona de las Alpujarras con los asaltos a los viajantes. De este modo, el comercio quedaba reducido, en el comienzo de la Edad Moderna, a un intercambio de materias primas y productos alimenticios primarios, dando lugar a una economía de subsistencia que perduraría durante buena parte del Antiguo Régimen.
Otro de los hechos decisivos que se dieron en estos primeros compases de la modernidad fue la creación de señoríos, consistente en concesiones reales a los sectores nobiliarios que había participado directamente en la Guerra de Granada. En Íllora también se crearon algunos señoríos solariegos en el siglo XVI, entendiendo por esto un territorio propiedad de un señor, en el que él mismo ejerce justicia y tiene plena propiedad sobre esa tierra. El señorío solariego más importante fue el dominado por una rama del Ducado de Sessa, del cual su primer titular fue Gonzalo Fernández de Córdoba, más conocido como Gran Capitán. Este personaje, primer alcaide de Íllora, se cree que vivió en la Calle Ayllonas, al existir una vivienda que tiene reflejado su escudo en el dintel de la puerta de acceso al interior de la casa. Una hipótesis que no sería muy descabellada ya que este personaje se destacó por sus conquistas de Íllora, Montefrío y Loja, donde hizo prisionero a Boabdil.
El siglo XVI, en lo que a lo artístico se refiere, fue muy importante para el pueblo. Comenzando la construcción de la Iglesia de Nuestra Señora de la Encarnación en el año 1541. El gran arquitecto de la Catedral de Granada, Diego de Siloé, intervino en la construcción de la capilla mayor y la torre de la iglesia. Pero las obras de construcción se prolongaron hasta el s. XVIII, lo cual que hace que en este edificio confluyan elementos constructivos de varios periodos artísticos. Así, en la construcción destacan la presencia de rasgos góticos sin dejar de ser una iglesia de carácter renacentista. Sin embargo, posee también aspectos de estilo manierista, como la portada de la Anunciación, en el lateral del templo. Destaca en el templo, el retablo mayor entallado por Alonso Despina y pintado y dorado por Pedro Machuca, uno de los artistas más importantes del renacimiento español.
La entrada en el siglo XVII supone un cambio con respecto al siglo precedente. Este es un periodo de decadencia generalizada para todos los territorios de la Monarquía Hispánica. Las roturaciones de tierras y la explotación de nuevos cultivos traídos de América, da lugar a una disminución de la producción agraria con graves consecuencias sobre la población. Se sucedían hambrunas periódicas y graves epidemias que daban lugar a una alta tasa de mortalidad. Las deficiencias en la alimentación incrementaban las enfermedades, que fueron comunes durante todo este siglo, ligadas también a unas calles insalubres que no contaban con un sistema de saneamiento, facilitaba el contagio de enfermedades. La primera en la que nos tenemos que detener fue el brote de la conocida como “Peste Atlántica” iniciado en 1598 y que estaría vigente entre los primeros años del siglo XVII. De 1637 a 1641 se daría otra epidemia pestilente que afectaría con dureza al litoral del Reino de Granada y que cortó el abastecimiento de cereal que se daba hacia el interior por esa ruta, agravando las consecuencias un mal periodo meteorológico que se dio en la mitad del siglo. En el último tercio de siglo continuarían las epidemias como la de 1675 que duró hasta 1681 y que tuvo su epicentro en el Reino de Granada.
Con todo esto podríamos definir el siglo XVII como un tiempo de decadencia, pero sólo en parte ya que, por el contrario, esta adversidad crea en el ámbito del arte y la literatura una etapa brillante para España: el Siglo de Oro. El Barroco español es una muestra de un modo de pensamiento, en donde la miseria de la vida cotidiana intenta enmascararse con una abundante ornamentación. En este periodo, debido a la influencia de la Contrarreforma, se da un crecimiento del fervor religioso plasmado en la existencia de misas, triduos, novenarios, rosarios y demás actividades religiosas entre las que se incluyen las procesiones con cofradías y hermandades que incluso, bajo una refundación, han llegado hasta la actualidad.
En nuestro municipio durante el siglo XVII, se construye el Convento de San Pedro de Alcántara, perteneciente a la rama de los franciscanos. Este hecho es destacable ya que San Pedro de Alcántara fue canonizado en 1669 por el Papa Clemente IX y este mismo año se produjo la fundación del convento, así esta fundación religiosa en nuestro pueblo fue la primera con la advocación de este santo. Pero la historia de este convento como tal, no dura hasta más allá de principios del siglo XIX, momento en el cual se prohíben nuevas órdenes religiosas y se obliga a la disolución de las existentes. En el siglo XX este edificio pasa a ser la sede del actual Ayuntamiento.
Con la llegada del siglo XVIII vemos que se produjo una recuperación en todos los aspectos de la vida. Pero, la entrada en este nuevo siglo supuso un nuevo conflicto sucesorio en la monarquía española, dando origen a la llegada de los Borbones. La posterior implantación de ideas ilustradas buscará una mejora económica con la que solventar la situación precaria de las gentes que vivían en los territorios de la Corona, aunque en muchas ocasiones estas medidas empleadas acabaron en fracaso.
Las medidas ilustradas pretendían conocer más a la población, por ello se crearon censos, los cuales hoy día son de gran interés para poder conocer la demografía de ese periodo, pero también la estructura del hogar y el trabajo de los individuos. Los diversos censos muestran cómo se dan fluctuaciones en la demografía, aunque hay una tendencia al alza. El aumento de la población está ligado a una mejora en la alimentación y a la adopción de medidas higiénicas para las calles, que implica una reducción de las enfermedades contagiosas. El sector primario seguirá siendo el principal de la economía en este periodo para las gentes de Íllora y seguirá predominando el cultivo de cereales, comenzando a destacar también la explotación del olivo. La importancia en el cultivo del cereal dará lugar a la creación en 1738 del pósito de Íllora, localizado en la Plaza de San Rogelio.
Este pósito de trigo fue anteriormente la Ermita de San Miguel. Esta ermita poseería en su techo una gran venera de peregrino, que apareció durante unas obras en 1999. El pósito, a principios del siglo XX pasa a ser ayuntamiento hasta el traslado de este a su actual ubicación, el antiguo convento de la Orden de San Pedro de Alcántara en 1980. Así, el último y actual uso del pósito es albergar el Museo Municipal de Íllora.
