El templo tiene nave rectangular con capillas hornacinas poco profundas entre los contrafuertes. Las capillas se abren con arco de medio punto y se cubren con bóveda de cañón decorada con un crucero y un medallón. La nave está dividida en cuatro tramos por pilastras toscanas que rematan en una cornisa. Esta cornisa recorre toda la iglesia separando las capillas de las ventanas. Las bóvedas de la nave son las típicas del Renacimiento, sexpartitas con terceletes.
La capilla mayor es rectangular, con arco carpanel poco profundo que cobija el retablo mayor. Las pilastras del arco toral son distintas a las de la nave y esto afirma que son más antiguas que las del resto del templo.
La torrese levanta detrás de la cabecera y es un prisma macizo con tan sólo dos ventanas decoradas por Bolívar y Santa Cruz. En la parte baja de la torre se aloja una sacristía cubierta por un alfarje hecho por Domingo de Frechilla, con canes de diversos motivos antropo-zoomorfos.
La torre, que ha sido recientemente restaurada, posee una escalera de acceso a los cuerpos altos en forma de caracol. Antes de la restauración, la torre albergaba también el archivo parroquial -hoy trasladado a la planta baja- , siendo éste uno de los más completos de las iglesias llamadas ‘de las siete villas’. Contempla abundante información sobre cofradías, memorias, capellanías, pleitos y demás asuntos de la iglesia, además de libros de bautismo, defunciones, matrimonios, libros de coro, misales, etc.
El exterior de la iglesia es sobrio pero monumental. Los contrafuertes están insinuados en la parte inferior, pero sobresalen al tomar altura, delimitando los tramos y las capillas. Las ventanas poseen un arco de medio punto y discos lisos en las enjutas.
Siguiendo con el análisis artístico de la iglesia, existen dos portadas, una a los pies y otra en el lateral derecho. Ambas están inspiradas en esquemas de Siloé, probablemente reinterpretados por Maeda, artista al que podemos atribuir su traza.
La portada situada a los pies es considerada por Gómez-Moreno Martínez como la más antigua de las dos. Consta de dos cuerpos, el cuerpo bajo se organiza con un amplio arco abocinado y otro de menor desarrollo inscrito en él, flanqueado por columnas dóricas sobre pódium. En el cuerpo superior de esta portada se levanta un ancho banco sobre el que se abre una hornacina rematada por un cuerpo trapezoidal, bastante característico de Maeda. A los lados de esta hornacina, a modo de tondos con pedestales y remate de candeleros, aparecen los relieves de la Fe y la Caridad, probablemente obra de Diego de Pesquera. En la hornacina mencionada aparece la escultura de San Pedro entronizado.
La portada situada en el lateral derecho tiene una configuración distinta a la anterior. Consta de dos cuerpos, el más bajo tiene columnas corintias sobre pedestal que albergan un arco de entrada de medio punto. El cuerpo superior está configurado por una hornacina sobre un alto banco en el que aparece el escudo del arzobispo Pedro Guerrero. La hornacina está flanqueada por columnas corintias y en su frontón se ubica el escudo Real. Pero, lo realmente importante se encuentra dentro de la hornacina: el grupo escultórico de la Encarnación. Se trata de dos imágenes de bulto redondo compuestas de forma clásica y buen dominio del escorzo. Fueron, muy probablemente, obra de Diego de Pesquera y, sin duda, de lo mejor de toda su obra.
