Existen algunas noticias con referencias a la construcción de diversos retablos para la iglesia de Íllora, pero lamentablemente, la mayoría se perdieron hace ya tiempo. En 1508 se documenta que Alonso de Espina hacía un retablo que se llevó a la iglesia en 1512. Mucho más importante debió ser el que se contrató a Machuca por 65.000 maravedíes, terminado en 1531. Estando éste, obra de Machuca, muy deteriorado -según Ambrosio de Vico en 1603-, se contrata a Miguel Cano para la restauración del ensamblaje, a Juan Bautista de Alvarado y Juan García Corral de la pintura y a Gaspar Lendínez del dorado. Aunque en esta reparación se renovó demasiado el retablo, los perfiles siguieron siendo los anteriores.
Hoy día se ha perdido todo, tanto estructura, pinturas y escultura, cuando probablemente se sustituyó por el tabernáculo de mármol que actualmente existe. Se conserva una predela de retablo que quizás sea la única pieza conservada del antiguo retablo de Pedro Machuca y que alberga algunas pinturas de profetas y santos.
En los laterales de la iglesia existen dos retablos ejecutados de 1761 a 1766 por el entallador Francisco Antonio Vidaurre, ayudado por Lorenzo Torres para los remates y trono, y por José del Pino para el dorado. Se encargó un retablo para la capilla de Las Ánimas y otro para la de Nuestra Señora de la Soledad. Los retablos poseen un gran nicho expositor y a su alrededor una profusa ornamentación de estípites, recortes, vegetación y roleos. Hoy día las esculturas que albergan, San José y una Dolorosa de candelero, son modernas.
Los demás retablos de la Iglesia son más modestos que éstos dos últimos. El retablo de Jesús Nazareno es barroco y dorado y pintado imitando oro y jaspes.