La Iglesia Parroquial de la Encarnación de Íllora en sus primeros momentos fue una primitiva iglesia que modificó probablemente la anterior mezquita existente en la misma ubicación. De esa primera iglesia tenemos escasos testimonios escritos, entre ellos reparaciones de carpintería en la sacristía durante 1505 o trabajos en la torre durante 1508 y 1509, todos ellos supervisados por el maestro mayor Rodrigo Hernández. Pero lamentablemente, de esta primera iglesia, poco más sabemos, probablemente se derribó o abandonó tras iniciarse las obras de la actual.
El autor de la traza de la actual iglesia es, como ya sospechó Gómez-Moreno Martínez en su famoso libro de 1941 ‘Las Águilas del Renacimiento español’, el ilustre arquitecto Diego de Siloé, y así lo corrobora el estudio de Gómez-Moreno Calera en 1989, apuntando que en 1542 se descargan al mayordomo de la Iglesia de Íllora ‘doze fanegas de trigo que dio al maestro Siloe porque vino a traçar la obra de la capilla’. Aunque no será esta la única referencia al artista, apareciendo en otras partidas ‘un cahiz de cebada al maestro Siloe porque vino a traçar la capilla’ o el vicario que fue a Granada ‘a traer al maestro Siloe’.
Diego de Siloé trazó la capilla mayor repitiendo el esquema que ya había empleado en las cabeceras de Guadahortuna y Moclín. Este esquema consistía en una planta cuadrada cubierta por bóveda de crucería. Pero en la iglesia de Íllora además introdujo la novedad de colocar la torre justo detrás de la cabecera. Así, en 1541 se comienza la construcción de la capilla mayor y la torre, acudiendo al año siguiente Diego de Siloé para dar la traza, no siendo hasta el año 1545 el comienzo de la elevación de los muros. Para este trabajo se empleó piedra blanca para los escalones de la torre y el resto de piedra de Zujaira.
El maestro de obras de la iglesia fue Martín de Bolívar y junto a él trabajaban el entallador Pedro de Santa Cruz y el asentador Juan de Arteaga. La capilla mayor fue finalizada en 1549, continuándose con la torre hasta 1551, fecha en que muere Martín de Bolívar, finalizándose la torre tiempo más tarde y de forma más simplificada. El resto de la Iglesia que aún quedaba por realizar, capillas laterales, naves y portadas, prolongaron su construcción en un amplio periodo de tiempo. Entre 1550 y 1560 tenemos noticias de la lentitud de la obra ya que se debía realizar la cimentación junto con el nivelado del terreno que era, y es, muy inclinado. En 1560 se nombra a Pedro de Pontones cantero de la obra y tras su muerte en 1564 es nombrado en su lugar Juan de Alcántara el cual prosigue las obras de la nave y capillas que ya había comenzado Pontones aparte de las aperturas de las tres portadas. En 1567 se tienen noticias de Juan de Riaño como maestro y por esas fechas se tendría la obra bastante avanzada ya que, por ese año y el siguiente, se labraban las ventanas y el óculo de la fachada. Pero, desgraciadamente la obra se interrumpió debido a la rebelión de los moriscos, quedando la nave central sin cubrirse con bóvedas tal y como estaba previsto por esas fechas.
En 1626, el Ayuntamiento de Íllora solicita la continuación de la obra de su templo. Expresamente comunicaban que ‘por quanto la iglesia desta villa esta por acabar y cerrar las bobedas de forma questan los arcos de donde an de pender muy a peligro de caerse y hundirse y suceder una gran desgracia, y ansimismo las maderas de los tejados de la dicha iglesia están muy maltratadas y con el mismo peligro por las muchas goteras que tiene’. Estos ruegos de poco servirían ya que en 1645 la iglesia seguía sin bóveda, siendo la capilla mayor, la única provista de este tipo de cubierta.
Se desconoce el momento exacto en que se cubrió con bóvedas el templo, pero seguramente fue en el siglo XVIII En el siglo XVIII se añade también el coro a los pies y una nueva sacristía a la izquierda de la cabecera.
