La mayor parte de las pinturas conservadas en la Iglesia de la Encarnación procederían del antiguo convento de franciscanos de San Pedro de Alcántara. Ninguna de las obras tiene autor conocido, pero es bastante probable que, aunque no sabemos sus nombres, fuesen artistas granadinos. Las pinturas que se hallan en el templo son de distinta temática destacando las imágenes marianas, escenas de la pasión de Cristo, apostolado y santos mártires.
El estilo pictórico de la mayor parte de las obras se enmarca en el periodo barroco, una época muy prolífica en la producción de obras de arte de temática religiosa. Es difícil datar en una fecha exacta cada una de las pinturas de nuestra Iglesia ya que la mayor parte no están firmadas ni poseen inscripciones con la fecha de realización, aunque de alguna de ellas podemos seguir su rastro gracias a documentos del archivo parroquial.
Entre la colección pictórica podemos destacar un lienzo de la Virgencon el niño Jesús que, según el historiador del arte Manuel Gómez-Moreno, fue realizada por un pintor cercano a Alonso Cano, uno de los más ilustres artistas – escultor, pintor y arquitecto- del barroco español y granadino. En esta imagen podemos contemplar la figura de la Virgen Sentada sosteniendo sobre su pierna izquierda al niño. La Virgen vestida con túnica roja y manto azul dirige una tierna mirada hacia el niño, mientras que éste, vestido solo con un paño, gira su cabeza hacia la izquierda y dirige su brazo izquierdo hacia el pecho de la Virgen.
En la capilla mayor se sitúan dos series de apostolados de época barroca, ambos incompletos. Se refleja a los apóstoles de cuerpo entero, con ropajes ampulosos y muy volados.
También destaca el lienzo de la Trinidad del altar mayor que, según Gómez-Moreno Martínez, es una copia de ‘la Chafaina’ de Alonso Cano, muy interesante porque nos daría una idea de cómo sería el original que hoy día está perdido. Gómez-Moreno Calera indica también que, en efecto, el niño rubio mofletudo de ojos rasgados es el típico canesco, pero señala también que dista bastante de la elegancia y fuerza de Cano y parece obra de algún pintor del XVIII cercano al estilo de Risueño, Chavarito, etc.
Autor desconocido
También es de destacar la belleza de un lienzo, de una Inmaculada, del siglo XVIII. Se representa a la virgen con túnica blanca y manto azul, de pie sobre cabezas de ángeles y surgiendo de un rompimiento de nubes. Gira ligeramente la rodilla izquierda hacia adentro e inclina la cabeza a su derecha, mientras cruza las manos en el pecho. Rodea su cabeza una corona de luz y ambos lados de la Virgen, entre las nubes, se encuentran sendos ángeles que sostienen, cada uno, un ramo de lirios
Autor desconocido.
En la capilla mayor se halla un Descendimiento que repite una composición iconográfica de cierta difusión en Granada. En un inventario de 1594 se menciona ‘una imagen grande de lienzo del descendimiento de la cruz que esta en la sacristía’ que pudiera ser este cuadro. En el lateral del transepto de Santa María de la Alhambra, existe un lienzo del descendimiento con características similares al conservado en nuestro templo. La composición del descendimiento se desarrolla sobre un fondo neutro. Abajo y en primer plano, se exponen sobre una tarima los tres clavos y la corona de espinas, sobre ella, la figura de Cristo, en escorzo e iluminada, ocupa el lugar central. Se trata de una figura famélica y lánguida, con el cuerpo inclinado hacia su izquierda y la cabeza hacia su derecha. Por su costado izquierdo está sostenido por San Juan, mientras que la Magdalena sostiene su brazo derecho. Por la espalda es sostenido por José de Arimatea, mientras que, en la parte izquierda, en último plano, puede verse la imagen de María, inclinando sollozante el rostro y vestida con túnica roja y manto azul.
